Dopo il 1937 la M/n BRINDISI fu impiegata in linee diverse dalla n°. 42 coprendo, come spesso accadeva, le linee lasciate scoperte da altre navi per necessità di manutenzione.

Il 20/5/1940, un poco prima della dichiarazione di guerra, la Brindisi rimase in sosta a BARI fino a giugno, per eseguire lavori di trasformazione.

Il 16 giugno, fu requisita ed iscritta nel naviglio ausiliario di Stato, e classificata come INCROCIATORE LEGGERO e l'equipaggio militarizzato.

Da quel giorno cessarono i contatti tra la Società Armatrice e la nave

Solamente più tardi si venne a sapere che la nave partì da Bari, alle ore 20.00 del 6 agosto 1943, diretta a CATTARO per un trasporto di truppe e carico militare diretti a TEODO e che, dopo circa un'ora di navigazione, ad una distanza di 8 miglia dal porto, la Brindisi subì un attacco e fu colpita, sul lato dritto dell'estrema poppa, da 3 siluri lanciati da un sommergibile nemico.

Le esplosioni provocarono l'immediato arresto dei motori principali e l'apertura di grosse falle allo scafo, attraverso le quali, la nave iniziò ad imbarcare subito grosse quantità d'acqua, con la conseguente, rapida immersione della poppa fino al ponte di coperta.

Fortunatamente il mare era calmo e fu possibile ammainare tutti i mezzi di salvataggio e con quelle condizioni, i naufraghi riuscirono a prendere posto sulle scialuppe e sugli atolli e a rimanere nei paraggi del relitto, in attesa dei soccorsi.

Dopo circa 50 minuti dal siluramento i superstiti udirono il caratteristico rumore dello schiodamento di una paratia stagna e dopo pochi minuti videro la nave affondare definitivamente.

Anche la sede succursale di Bari non riuscì a ragguagliarsi sull'accaduto, tanto che a Venezia trasmise il seguente laconico marconigramma cifrato: